食用被有害化学物质和微生物污染的食物可能会可引起疾病。涉及公众安全的食品质量是导致引进严格的立法的主要原因，所立法规中包括设定了污染物在食品中的最高水平，尤其是重金属。
黄曲霉毒素是由生长在坚果，种子和豆类中的霉菌所产生的毒素。
虽然众所周知黄曲霉毒素可导致动物的癌症，但是它们在坚果，种子和豆类中是可以有较低的含量，因为他们被认为是“不可避免的污染物。”
据认为，偶尔食用少量的黄曲霉毒素对人的一生所带来的风险很小。试图从食品中除去黄曲霉毒素，以使食品更加安全是不实际的。
产生黄曲霉毒素的霉菌可以出现在下列食品中：
为了最大限度地减少风险，生产商会对可能含有黄曲霉素的食品进行检验。花生和花生酱都是需要经受最严格测试的产品，因为它们通常都含有黄曲霉毒素，而且是被广泛食用的。
最臭名昭著的重金属污染物是汞、铅和镉。他们往往是很危险的，因为随着时间的推移它们在动物组织中具有生物累积性。重金属污染通常是源于被污染的水供应。鱼是最容易受到重金属污染的。
受消费需求和品质要求的驱动，世界各地的许多食品机构纷纷出台了规定食品中可允许的重金属最大含量的指示。
贡
贡可以通过几个来源进入我们的食品供应渠道，第一个是鱼类栖息的水源受到污染，然后鱼又被人类食用。汞在鱼体内的浓度要显著地高于它在水中的浓度。 家畜放牧的环境被污染之后，肉类中也会含有汞。汞是不常存在于植物产品中，但是当含汞喷雾剂在农业生产中应用时，它可以通过蔬菜等作物时进入人体。 接触汞会对中枢神经系统及脑功能产生影响，导致DNA和染色体损伤，并导致生殖功能出现问题。 人体接触汞的最常见途径是通过被环境所污染的食物源。
铅
铅是对人类健康危害最大的四种金属之一。它有各种各样的应用 - 可以用在管道和涂料中，用于杀虫剂和许多的其他用途。它可以通过食物（65％ ），水（ 20％）和空气（15％）进入人体。许多食品，包括水果，蔬菜，肉类，谷物，海产品，饮料和酒中都含有铅。香烟烟雾中也含有少量的铅。铅可通过管道的腐蚀进入（饮用）水中，在水呈弱酸性时铅进入水中的可能性就更大了，这就是为什么在公共水处理系统，现在要开展饮用水的pH值调整。 铅会可以导致生物积累从而给人体带来诸多的问题，如破坏血液的合成，肾损害，高血压，流产，精子数量少等 。
如果使用煮沸的水或来自热水龙头的水来制备配方奶，水中所含的铅将会导致血铅水平升高。煮沸的水会使铅聚集。
镉
人体与镉的接触常常是通过食物。它常与锌配对出现，并且是提取锌、铅和铜的副产品。通过食用富含镉元素的食物（如蘑菇和贝类），镉会在体内进行复合。此外，镉存在于香烟烟雾中，烟雾作为一种血液输送机构将镉送入肺部。它还可以通过血液穿行到肝脏，然后进入肾脏。
与以牛奶为主的配方奶相比，在大豆配方奶中镉含量可高出六倍。镉还存在于谷物中，通过食用断奶食品会接触到的饮食中的镉。喂食婴儿配方奶比母乳喂养接触镉的几率要出12倍。
DCD是活性化合物，它们可被用于缓释肥料中在放牧的草场里使用，用以控制氮素损失，促进牧草生长。
目前还没有双氰胺（DCD）的国际标准，但双氰胺的残留物已在食品中被检测到。尽管据信双氰胺不会对食品安全产生影响，它在食品中的残留物可能不会被国内和国际上的消费者所接收，因而可能存在交易风险。
接受双氰胺（DCD）测试的乳制品
包括- 黄油，奶油奶粉，酪蛋白盐，酪蛋白，乳铁蛋白，无水乳脂（AMF），乳清蛋白分离物，脱脂奶粉（SMP），全脂奶粉（WMP），乳清蛋白浓缩物（WPC），液体奶，奶蛋白浓缩物（MPC），奶酪，初乳和营养产品等。
转基因的食物组分会构成引入新的毒素、新的过敏原的危险，并使婴儿增加抗生素耐药性的风险。 食品及药物管理局（FDA）不要求对转基因食品进行标签注明，所以父母根本不知道自己的宝宝正在消费含有转基因组分的MSG（经过加工的游离谷氨酸和游离天门冬氨酸）。 这些都是已知的神经毒素，存在于一些婴幼儿配方奶粉中。由于婴幼儿的血脑屏障尚未得到完全发展，相比较成人大脑而言，这些神经毒素更容易进入婴儿大脑。
这些神经毒素含量最高的是低过敏性配方奶。 由于没有对婴幼儿喂养低过敏性配方奶的长期效果的研究，这些婴儿是否将会在学龄期遇到更多的学习障碍，和/或在以后的生活中患有更多的内分泌疾病，如肥胖及生殖障碍等目前尚不可知。
植物雌激素是在大豆配方奶中发现的内分泌干扰物。喂养大豆配方奶的婴幼儿体内循环的植物雌激素浓度要比幼儿正常水平高出1.3万-2.2万倍。 这些生物活性化合物可以导致类固醇激素失衡，并与代谢类固醇，药物和外源性化学物质的酶竞争，并会影响性腺功能。 大豆配方奶已被认为是与过早的乳房发育（婴幼儿和八岁以下女孩的乳房发育）有关联的。 植物雌激素（异黄酮）也可作用于甲状腺。它们是公认的甲状腺肿和抗甲状腺剂的诱导剂。他们通过抑制甲状腺过氧化酶而对甲状腺产生作用。患有自身免疫性甲状腺疾病的儿童有三倍以上的可能性曾被喂食豆奶配方奶。
这些都是导致内分泌干扰的工业化学品。邻苯二甲酸酯作为增塑剂，其作用与睾丸毒素和雌二醇相仿。
双酚A是用于生产聚碳酸酯塑料的，存在于塑料婴儿奶瓶中。它可以从容器中渗漏，自1938年以来就是已知的雌激素。 双酚A树脂作为涂料可用于为金属产品（如食品罐头）涂漆。它与脂肪酸的产品具有高亲和力，已被证明在高压灭菌过程，可以渗入罐的内容物中，包括乳基婴儿配方奶的奶粉罐。
硝酸盐
使用被硝酸盐污染的水制备的婴儿喂养配方奶存在使婴儿患致命的高铁血红蛋白血症的潜在危险。 如果婴儿是在六个月以下的婴儿并且还同时喂食含有高浓度硝酸盐的婴儿食品（如绿豆和香蕉），那么这种风险就会进一步增加。
阿特拉津
阿特拉津是一种除草剂，可导致试验用鼠的乳腺和子宫癌。在自来水污染严重的市镇里，配方奶喂养的婴儿食用受污染的水制备的配方奶，就会在出生后的头四个月中吸收到终身剂量的这种化学物质。
细菌
在家庭用婴儿配方奶粉制备奶的过程中可能发生严重的细菌污染。制备好的配方奶存放在冰箱中时，随着时间的推移会产生越来越多的细菌。